بعد ما أدى الامام أبو جعفر (عليه السلام) رسالته الخالدة من نشر العلم وإذاعة قيم الاسلام بين الناس اختاره الله إلى جواره لينعم في ظلال رحمته وجنانه ويسعد بملاقاة آبائه الذين سنوا مناهج الحق والعدل في الأرض ... .

شعر الامام العظيم بدنو أجله المحتوم وأخذت تراوده هواجس مريرة بين لحظة وأخرى وهي تنذره بمفارقة الحياة فخف مسرعا وهو مثقل بالهموم نحو عمته السيدة فاطمة بنت الامام الحسين (عليه السلام) وهو ينعى إليها نفسه قائلا : لقد أتت عليّ ثمان وخمسون سنة ... .

وعلمت السيدة ما أراد فذاب قلبها أسى وحسرات على ابن أخيها الذي هو بقية أهلها الذين حصدتهم سيوف البغي والضلال ... لقد أتت على الامام ثمان وخمسون سنة وهي مليئة بالخطوب والأحداث وقد أشاعت في نفسه الأسى والحزن وقد فارق الحياة بما يقارب هذا السن أبوه الامام زين العابدين وجده الامام الحسين (عليه السلام) فشعر (عليه السلام) من ذلك بانطواء حياته وقرب أجله.